| 一般 | 大 | 高 | 中 | 学 | 氏名 | 所属 | タイム | 大会名 | 月日 |
| 学年 | 場所 | ||||||||
| 1 | 1 | 初瀬 有志 | 鹿 児 島 | 4:02.65 | 第61回国民体育大会 水泳競技 | 2006/10/01 | |||
| 高校3 | 尼崎の森中央緑地スポーツ健康増進施設 | ||||||||
| 2 | 1 | 西山賢太郎 | 桜 丘 | 4:04.62 | 第４６回全国中学校水泳競技大会 | 2006/08/23 | |||
| 中学3 | くろしおアリーナ | ||||||||
| 3 | 2 | 中西 海人 | 鹿 児 島 | 4:11.42 | 第61回国民体育大会 水泳競技 | 2006/10/01 | |||
| 高校3 | 尼崎の森中央緑地スポーツ健康増進施設 | ||||||||
| 4 | 3 | 徳重 裕二朗 | 鹿児島高専 | 4:47.35 | 第41回全国高等専門学校体育大会 | 2006/08/06 | |||
| 高校5 | 神戸ポートアイランドスポーツセンター |