| 一般 | 大 | 高 | 中 | 学 | 氏名 | 所属 | タイム | 大会名 | 月日 |
| 学年 | 場所 |
| 1 | | 1 | | | 池田裕二郎 | 熊 本 | 4:28.34 | 第61回国民体育大会 水泳競技 | 2006/10/01 |
| 高校3 | 尼崎の森中央緑地スポーツ健康増進施設 |
| 2 | | 2 | | | 上野 公志 | 九州学院高校 | 4:38.66 | 第82回(2006年度)日本選手権水泳競技大会 | 2006/04/21 |
| 高校3 | 東京辰巳国際水泳場 |
| 3 | | 3 | | | 笹本 風吹 | 九州学院高校 | 4:52.45 | 平成18年度 熊本県選手権水泳競技大会 | 2006/08/06 |
| 高校1 | アクアドームくまもと（５０ｍ） |
| 4 | | | 1 | | 坂野 栄信 | ベスト熊本 | 5:00.63 | 平成18年度 熊本県選手権水泳競技大会 | 2006/08/06 |
| 中学3 | アクアドームくまもと（５０ｍ） |
| 5 | | 4 | | | 横谷 耕成 | 球磨工業 | 5:01.08 | 平成18年度 熊本県高等学校総合体育大会水泳競技大会 | 2006/06/02 |
| 高校3 | 熊本市総合屋内プール(アクアドームくまもと) |
| 6 | | | 2 | | 桑鶴 雄平 | アレスト八代 | 5:01.57 | 平成18年度 熊本県選手権水泳競技大会 | 2006/08/06 |
| 中学3 | アクアドームくまもと（５０ｍ） |
| 7 | | | 3 | | 今村 知哉 | 飽田中学 | 5:08.94 | 平成18年度 熊本県中学校総合体育大会水泳競技大会 | 2006/07/30 |
| 中学2 | 熊本市総合屋内プール（アクアドームくまもと 50m） |
| 8 | | | 4 | | 下田 康介 | はるおか熊本 | 5:09.86 | 平成18年度 第27回熊本県ジュニア水泳競技大会 | 2006/06/04 |
| 中学3 | アクアドーム熊本 |
| 9 | | 5 | | | 米満 惣平 | 九州学院高校 | 5:10.69 | 平成18年度 熊本県選手権水泳競技大会 | 2006/08/06 |
| 高校2 | アクアドームくまもと（５０ｍ） |
| 10 | | | 5 | | 奥田龍志郎 | 八代第二中学 | 5:10.81 | 平成18年度 熊本県中学校総合体育大会水泳競技大会 | 2006/07/30 |
| 中学1 | 熊本市総合屋内プール（アクアドームくまもと 50m） |
| 11 | | | 6 | | 猿渡 悠生 | 八代第四中学 | 5:19.86 | 平成18年度 熊本県中学校総合体育大会水泳競技大会 | 2006/07/30 |
| 中学3 | 熊本市総合屋内プール（アクアドームくまもと 50m） |
| 12 | | | 7 | | 松浦 佑紀 | アレスト八代 | 5:21.26 | 平成18年度 第27回熊本県ジュニア水泳競技大会 | 2006/06/04 |
| 中学1 | アクアドーム熊本 |
| 13 | | 6 | | | 紫垣 政和 | 秀岳館 | 5:22.59 | 平成18年度 熊本県高等学校総合体育大会水泳競技大会 | 2006/06/02 |
| 高校1 | 熊本市総合屋内プール(アクアドームくまもと) |
| 14 | | | 8 | | 吉野 道久 | アレスト八代 | 5:26.68 | 平成18年度 熊本県選手権水泳競技大会 | 2006/08/06 |
| 中学2 | アクアドームくまもと（５０ｍ） |
| 15 | | | 9 | | 楠田 賢斗 | 九州学院中学 | 5:28.96 | 平成18年度 熊本県中学校総合体育大会水泳競技大会 | 2006/07/30 |
| 中学2 | 熊本市総合屋内プール（アクアドームくまもと 50m） |
| 16 | | 7 | | | 冨永 一鷹 | 熊本北高校 | 5:29.36 | 平成18年度 熊本県選手権水泳競技大会 | 2006/08/06 |
| 高校1 | アクアドームくまもと（５０ｍ） |
| 17 | | | 10 | | 井上 大暉 | 菊鹿中学 | 5:31.29 | 平成18年度 熊本県中学校総合体育大会水泳競技大会 | 2006/07/30 |
| 中学2 | 熊本市総合屋内プール（アクアドームくまもと 50m） |
| 18 | | | 11 | | 楠田 賢斗 | 九州学院ＳＣ | 5:31.89 | 第38回九州ジュニア水泳競技大会 | 2006/09/24 |
| 中学2 | 長崎市民総合プール |
| 19 | | | 12 | | 金子 雄史 | はるおか大江 | 5:35.45 | 平成18年度 熊本県選手権水泳競技大会 | 2006/08/06 |
| 中学1 | アクアドームくまもと（５０ｍ） |
| 20 | | | 13 | | 松本 崇紀 | 宇土鶴城中学 | 5:50.16 | 平成18年度 熊本県中学校総合体育大会水泳競技大会 | 2006/07/30 |
| 中学3 | 熊本市総合屋内プール（アクアドームくまもと 50m） |
| 21 | | 8 | | | 小部 敬純 | 学園大付属 | 5:53.37 | 平成18年度 熊本県高等学校総合体育大会水泳競技大会 | 2006/06/02 |
| 高校2 | 熊本市総合屋内プール(アクアドームくまもと) |
| 22 | | | 14 | | 木 一秀 | 長嶺中学 | 5:54.55 | 平成18年度 熊本県中学校総合体育大会水泳競技大会 | 2006/07/30 |
| 中学2 | 熊本市総合屋内プール（アクアドームくまもと 50m） |
| 23 | | 9 | | | 木下淳一郎 | 秀岳館高校 | 5:54.65 | 平成18年度 熊本県選手権水泳競技大会 | 2006/08/06 |
| 高校2 | アクアドームくまもと（５０ｍ） |
| 24 | | 10 | | | 桑原 豊史 | 学園大付属 | 6:55.07 | 平成18年度 熊本県高等学校総合体育大会水泳競技大会 | 2006/06/02 |
| 高校3 | 熊本市総合屋内プール(アクアドームくまもと) |
