| 一般 | 大 | 高 | 中 | 学 | 氏名 | 所属 | タイム | 大会名 | 月日 |
| 学年 | 場所 |
| 1 | | 1 | | | 上野 公志 | 熊 本 | 4:00.45 | 第61回国民体育大会 水泳競技 | 2006/10/01 |
| 高校3 | 尼崎の森中央緑地スポーツ健康増進施設 |
| 2 | | 2 | | | 飯干 真也 | 九州学院高校 | 4:14.96 | 平成18年度 熊本県選手権水泳競技大会 | 2006/08/06 |
| 高校2 | アクアドームくまもと（５０ｍ） |
| 3 | | 3 | | | 東 健太 | 九州学院高校 | 4:16.96 | 平成18年度 熊本県選手権水泳競技大会 | 2006/08/06 |
| 高校1 | アクアドームくまもと（５０ｍ） |
| 4 | | 4 | | | 田中 優介 | 九州学院高校 | 4:17.55 | 平成18年度 熊本県選手権水泳競技大会 | 2006/08/06 |
| 高校1 | アクアドームくまもと（５０ｍ） |
| 5 | | 5 | | | 尾方 大介 | 鎮西高校 | 4:17.75 | 平成18年度 熊本県選手権水泳競技大会 | 2006/08/06 |
| 高校2 | アクアドームくまもと（５０ｍ） |
| 6 | | | 1 | | 池端 宏文 | 九州学院・熊 | 4:22.40 | 平成１８年度第３４回九州中学校水泳競技大会 | 2006/08/09 |
| 中学2 | |
| 7 | | | 2 | | 宮本 淳平 | はるおか大江 | 4:22.46 | 平成18年度 熊本県選手権水泳競技大会 | 2006/08/06 |
| 中学3 | アクアドームくまもと（５０ｍ） |
| 8 | | | 3 | | 根岸慎太郎 | ﾙｰﾃﾙ学院中学 | 4:24.16 | 平成18年度 第33回 熊本県中学生学年別水泳競技大会 | 2006/08/26 |
| 中学2 | 菊池市営プール |
| 9 | | 6 | | | 鳩野 修平 | 鎮西 | 4:25.36 | 平成18年度 熊本県高等学校総合体育大会水泳競技大会 | 2006/06/02 |
| 高校3 | 熊本市総合屋内プール(アクアドームくまもと) |
| 10 | | 7 | | | 田上 裕貴 | 鎮西 | 4:25.78 | 平成18年度 熊本県高等学校総合体育大会水泳競技大会 | 2006/06/02 |
| 高校2 | 熊本市総合屋内プール(アクアドームくまもと) |
| 11 | | 8 | | | 佐々木将人 | 秀岳館高校 | 4:25.91 | 平成18年度 熊本県選手権水泳競技大会 | 2006/08/06 |
| 高校1 | アクアドームくまもと（５０ｍ） |
| 12 | | 9 | | | 高山 尚之 | ルーテル学院 | 4:26.17 | 平成18年度 熊本県高等学校総合体育大会水泳競技大会 | 2006/06/02 |
| 高校2 | 熊本市総合屋内プール(アクアドームくまもと) |
| 13 | | 10 | | | 平山 英典 | 秀岳館 | 4:29.94 | 平成18年度 熊本県高等学校総合体育大会水泳競技大会 | 2006/06/02 |
| 高校2 | 熊本市総合屋内プール(アクアドームくまもと) |
| 14 | | 11 | | | 永田 千治 | 熊本農業 | 4:30.07 | 平成18年度 熊本県高等学校総合体育大会水泳競技大会 | 2006/06/02 |
| 高校2 | 熊本市総合屋内プール(アクアドームくまもと) |
| 15 | | | 4 | | ｱ 裕介 | 出水・熊 | 4:31.88 | 平成１８年度第３４回九州中学校水泳競技大会 | 2006/08/09 |
| 中学3 | |
| 16 | | 12 | | | 深川 誠 | ルーテル学院 | 4:36.65 | 平成18年度 熊本県高等学校総合体育大会水泳競技大会 | 2006/06/02 |
| 高校1 | 熊本市総合屋内プール(アクアドームくまもと) |
| 17 | | 13 | | | 内田 大地 | 鎮西 | 4:38.47 | 平成18年度 熊本県高等学校総合体育大会水泳競技大会 | 2006/06/02 |
| 高校1 | 熊本市総合屋内プール(アクアドームくまもと) |
| 18 | | | 5 | | 今村 知哉 | ベスト熊本 | 4:38.53 | 平成18年度 第27回熊本県ジュニア水泳競技大会 | 2006/06/04 |
| 中学2 | アクアドーム熊本 |
| 19 | | | 6 | | 谷口 智律 | はるおか熊本 | 4:39.36 | 平成18年度 第27回熊本県ジュニア水泳競技大会 | 2006/06/04 |
| 中学2 | アクアドーム熊本 |
| 20 | | | 7 | | 林 宏典 | マリーン菊池 | 4:40.72 | 第38回九州ジュニア水泳競技大会 | 2006/09/23 |
| 中学2 | 長崎市民総合プール |
| 21 | | | 8 | | 竹盛 潤一 | 天明中学 | 4:41.61 | 平成18年度 第33回 熊本県中学生学年別水泳競技大会 | 2006/08/26 |
| 中学3 | 菊池市営プール |
| 22 | | | 9 | | 谷口 貴信 | 鏡中学 | 4:42.59 | 平成18年度 熊本県中学校総合体育大会水泳競技大会 | 2006/07/29 |
| 中学3 | 熊本市総合屋内プール（アクアドームくまもと 50m） |
| 23 | | | 10 | | 清田 健一 | 託麻中学 | 4:44.44 | 平成18年度 熊本県中学校総合体育大会水泳競技大会 | 2006/07/29 |
| 中学2 | 熊本市総合屋内プール（アクアドームくまもと 50m） |
| 24 | | | 11 | | 松永 悠樹 | 八代第一中学 | 4:46.94 | 平成18年度 第33回 熊本県中学生学年別水泳競技大会 | 2006/08/26 |
| 中学2 | 菊池市営プール |
| 25 | | | 12 | | 田中 直行 | 西原中学 | 4:46.98 | 平成18年度 熊本県中学校総合体育大会水泳競技大会 | 2006/07/29 |
| 中学2 | 熊本市総合屋内プール（アクアドームくまもと 50m） |
| 26 | | | 13 | | 東原 有希 | 清水中学 | 4:46.99 | 平成18年度 第33回 熊本県中学生学年別水泳競技大会 | 2006/08/26 |
| 中学3 | 菊池市営プール |
| 27 | | | 14 | | 本山 暉 | シービンタＣ | 4:48.70 | 平成18年度 熊本県選手権水泳競技大会 | 2006/08/06 |
| 中学1 | アクアドームくまもと（５０ｍ） |
| 28 | | 14 | | | 中川 聖太 | 九州学院高校 | 4:48.89 | 平成18年度 熊本県選手権水泳競技大会 | 2006/08/06 |
| 高校1 | アクアドームくまもと（５０ｍ） |
| 29 | | | 15 | | 奥田龍志郎 | ＪＡＳＳ八代 | 4:49.38 | 平成18年度 熊本県選手権水泳競技大会 | 2006/08/06 |
| 中学1 | アクアドームくまもと（５０ｍ） |
| 30 | | | 16 | | 藤本 寛大 | 流泳館西部 | 4:49.82 | 平成18年度 熊本県選手権水泳競技大会 | 2006/08/06 |
| 中学1 | アクアドームくまもと（５０ｍ） |
| 31 | | | 17 | | 俣川 顕佑 | 帯山中学 | 4:51.66 | 平成18年度 熊本県中学校総合体育大会水泳競技大会 | 2006/07/29 |
| 中学3 | 熊本市総合屋内プール（アクアドームくまもと 50m） |
| 32 | | 15 | | | 柳詰 力也 | 秀岳館 | 4:54.39 | 平成18年度 熊本県高等学校総合体育大会水泳競技大会 | 2006/06/02 |
| 高校2 | 熊本市総合屋内プール(アクアドームくまもと) |
| 33 | | | 18 | | 坂崎 弘征 | ＫＳＧヤツシ | 4:54.50 | 第38回九州ジュニア水泳競技大会 | 2006/09/23 |
| 中学2 | 長崎市民総合プール |
| 34 | | 16 | | | 吉野 篤仁 | 玉名高校 | 4:54.65 | 平成18年度 熊本県選手権水泳競技大会 | 2006/08/06 |
| 高校1 | アクアドームくまもと（５０ｍ） |
| 35 | | 17 | | | 坂松功次郎 | 開新高校 | 4:56.21 | 平成18年度 熊本県選手権水泳競技大会 | 2006/08/06 |
| 高校2 | アクアドームくまもと（５０ｍ） |
| 36 | | | 19 | | 米倉 源 | ＩＯＢＳＳＧ | 4:56.34 | 平成18年度 熊本県選手権水泳競技大会 | 2006/08/06 |
| 中学1 | アクアドームくまもと（５０ｍ） |
| 37 | | 18 | | | 蜍l 力也 | 秀岳館高校 | 4:59.77 | 平成18年度 熊本県選手権水泳競技大会 | 2006/08/06 |
| 高校2 | アクアドームくまもと（５０ｍ） |
| 38 | | | 20 | | 米満 隼人 | 湖東中学 | 5:01.91 | 平成18年度 第33回 熊本県中学生学年別水泳競技大会 | 2006/08/26 |
| 中学3 | 菊池市営プール |
| 39 | | | | | 松本 崇紀 | 宇土鶴城中学 | 5:02.27 | 平成18年度 第33回 熊本県中学生学年別水泳競技大会 | 2006/08/26 |
| 中学3 | 菊池市営プール |
| 40 | | 19 | | | 佐々木康人 | 熊本ＹＭＣＡ | 5:02.42 | 平成18年度 熊本県選手権水泳競技大会 | 2006/08/06 |
| 高校2 | アクアドームくまもと（５０ｍ） |
| 41 | | | | | 金子 雄史 | はるおか大江 | 5:02.51 | 平成18年度 熊本県選手権水泳競技大会 | 2006/08/06 |
| 中学1 | アクアドームくまもと（５０ｍ） |
| 42 | | | | | 栄 晃彦 | 湖東中学 | 5:03.47 | 平成18年度 第33回 熊本県中学生学年別水泳競技大会 | 2006/08/26 |
| 中学1 | 菊池市営プール |
| 43 | | | | | 坂元 優太 | 託麻中学 | 5:05.19 | 平成18年度 熊本県中学校総合体育大会水泳競技大会 | 2006/07/29 |
| 中学2 | 熊本市総合屋内プール（アクアドームくまもと 50m） |
| 44 | | | | | 永原 孝輔 | 宇土鶴城中学 | 5:05.63 | 平成18年度 熊本県中学校総合体育大会水泳競技大会 | 2006/07/29 |
| 中学2 | 熊本市総合屋内プール（アクアドームくまもと 50m） |
| 45 | | | | | 西浦 直人 | 三和中学 | 5:07.09 | 平成18年度 第33回 熊本県中学生学年別水泳競技大会 | 2006/08/26 |
| 中学2 | 菊池市営プール |
| 46 | | 20 | | | 地下 雄大 | 人吉 | 5:07.14 | 平成18年度 熊本県高等学校総合体育大会水泳競技大会 | 2006/06/02 |
| 高校3 | 熊本市総合屋内プール(アクアドームくまもと) |
| 47 | | | | | 紫垣 一徳 | ベスト熊本 | 5:07.48 | 平成18年度 第27回熊本県ジュニア水泳競技大会 | 2006/06/04 |
| 中学3 | アクアドーム熊本 |
| 48 | | | | | 二階堂龍志 | 菊池南中学 | 5:07.78 | 平成18年度 熊本県中学校総合体育大会水泳競技大会 | 2006/07/29 |
| 中学3 | 熊本市総合屋内プール（アクアドームくまもと 50m） |
| 49 | | | | | 神崎 眞人 | ＪＡＳＳ八代 | 5:07.84 | 平成18年度 熊本県選手権水泳競技大会 | 2006/08/06 |
| 中学2 | アクアドームくまもと（５０ｍ） |
| 50 | | | | | 出野 恭廣 | 人吉高校 | 5:10.29 | 平成18年度 熊本県選手権水泳競技大会 | 2006/08/06 |
| 高校1 | アクアドームくまもと（５０ｍ） |
