| 一般 | 大 | 高 | 中 | 学 | 氏名 | 所属 | タイム | 大会名 | 月日 |
| 学年 | 場所 |
| 1 | 1 | | | | 櫻井 裕司 | 東京SC | 3:56.03 | 第82回(2006年度)日本選手権水泳競技大会 | 2006/04/22 |
| 大学4 | 東京辰巳国際水泳場 |
| 2 | | 1 | | | 木幡 開 | 東京SC | 3:59.54 | 第29回 全国JOCジュニアオリンピックカップ夏季水泳競技大会 | 2006/08/29 |
| 高校1 | 東京・辰巳国際水泳場 |
| 3 | | | | | 柴田 隆一 | T.アリーナ | 4:00.60 | 第7回群馬県ディスタンス招待水泳競技大会 | 2007/01/21 |
| 群馬県立敷島公園水泳場 |
| 4 | 2 | | | | 東郷 貴之 | コナミ西葛西 | 4:01.77 | 第82回(2006年度)日本選手権水泳競技大会 | 2006/04/22 |
| 大学1 | 東京辰巳国際水泳場 |
| 5 | | 2 | | | 麻生 真稔 | KONAMI西葛西 | 4:02.08 | 第29回 全国JOCジュニアオリンピックカップ夏季水泳競技大会 | 2006/08/29 |
| 高校2 | 東京・辰巳国際水泳場 |
| 6 | | 3 | | | 小林 勇斗 | 日大豊山 | 4:03.38 | 平成18年度 全国高等学校総合体育大会 | 2006/08/17 |
| 高校3 | なみはやドーム |
| 7 | | 4 | | | 池田 慶太 | 淑徳巣鴨 | 4:05.50 | 第57回関東高等学校選手権水泳競技大会 | 2006/07/27 |
| 高校3 | |
| 8 | | 5 | | | 上原 大悟 | 日大二 | 4:06.16 | 平成18年度 全国高等学校総合体育大会 | 2006/08/17 |
| 高校3 | なみはやドーム |
| 9 | | 6 | | | 益田 浩平 | 淑徳巣鴨 | 4:06.87 | 平成18年度東京都高等学校春季水泳競技大会 | 2006/06/10 |
| 高校1 | 東京辰巳国際水泳場 |
| 10 | | 7 | | | 新田 大将 | 堀越 | 4:09.08 | 平成18年度東京都高等学校選手権水泳競技大会 | 2006/06/25 |
| 高校3 | 東京辰巳国際水泳場 |
| 11 | | 8 | | | 井上 新 | セントラル池袋 | 4:10.52 | 第29回 全国JOCジュニアオリンピックカップ夏季水泳競技大会 | 2006/08/29 |
| 高校3 | 東京・辰巳国際水泳場 |
| 12 | | | 1 | | 岡田 涼 | 金町SC | 4:10.98 | 第29回 全国JOCジュニアオリンピックカップ夏季水泳競技大会 | 2006/08/29 |
| 中学2 | 東京・辰巳国際水泳場 |
| 13 | | | 2 | | 岡 晋太郎 | 練馬区立豊玉 | 4:11.01 | 第46回全国中学校水泳競技大会 | 2006/08/23 |
| 中学2 | くろしおアリーナ |
| 14 | | | 3 | | 小山 和淳 | 国立第二 | 4:11.43 | 第46回全国中学校水泳競技大会 | 2006/08/23 |
| 中学3 | くろしおアリーナ |
| 15 | | 9 | | | 舘田 智也 | 東京成徳大 | 4:11.83 | 平成18年度東京都高等学校選手権水泳競技大会 | 2006/06/25 |
| 高校3 | 東京辰巳国際水泳場 |
| 16 | | 10 | | | 遠藤千賀英 | 東京SC | 4:13.27 | 第38回東京スイミングセンタージュニア優秀選手招待 | 2006/11/23 |
| 高校3 | |
| 17 | | 11 | | | 須藤 勝也 | 東京立正 | 4:13.70 | 第57回関東高等学校選手権水泳競技大会 | 2006/07/27 |
| 高校1 | |
| 18 | | | 4 | | 岡田 涼 | 東京成徳大学 | 4:14.46 | 第46回全国中学校水泳競技大会 | 2006/08/23 |
| 中学2 | くろしおアリーナ |
| 19 | | | 5 | | 村田 陽甫 | 葛飾区立金町 | 4:14.47 | 第46回全国中学校水泳競技大会 | 2006/08/23 |
| 中学3 | くろしおアリーナ |
| 20 | | | 6 | | 伊藤 慶太 | 東京SC | 4:15.00 | 第38回東京スイミングセンタージュニア優秀選手招待 | 2006/11/23 |
| 中学3 | |
| 21 | | 12 | | | 中山 大士 | アクラブ調布 | 4:15.01 | 2006年度市外部夏季公認記録会 | 2006/07/02 |
| 高校2 | 中央大学室内プール |
| 22 | | 13 | | | 佐藤 寛之 | 八王子 | 4:15.51 | 平成18年度東京都高等学校選手権水泳競技大会 | 2006/06/25 |
| 高校3 | 東京辰巳国際水泳場 |
| 23 | | 14 | | | 井上 真悟 | 世田谷学園 | 4:15.93 | 平成18年度東京都高等学校選手権水泳競技大会 | 2006/06/25 |
| 高校2 | 東京辰巳国際水泳場 |
| 24 | | 15 | | | 小林 航大 | 日大豊山 | 4:16.28 | 平成18年度東京都高等学校選手権水泳競技大会 | 2006/06/25 |
| 高校1 | 東京辰巳国際水泳場 |
| 25 | | | 7 | | 松田 康平 | A&A西東京 | 4:17.02 | 2006年度市外部夏季公認記録会 | 2006/07/02 |
| 中学3 | 中央大学室内プール |
| 26 | | 16 | | | 伊藤 巧 | 八王子 | 4:17.64 | 平成18年度東京都高等学校選手権水泳競技大会 | 2006/06/25 |
| 高校1 | 東京辰巳国際水泳場 |
| 27 | | 17 | | | 小坂 真軌 | 多摩ISC | 4:18.36 | 2006年度市外部夏季公認記録会 | 2006/07/02 |
| 高校3 | 中央大学室内プール |
| 28 | | 18 | | | 田代 篤 | 多摩ISC | 4:18.98 | 2006年度市外部夏季公認記録会 | 2006/07/02 |
| 高校3 | 中央大学室内プール |
| 29 | | 19 | | | 押川 諒 | ロンド・SS | 4:19.12 | 第29回 全国JOCジュニアオリンピックカップ夏季水泳競技大会 | 2006/08/29 |
| 高校3 | 東京・辰巳国際水泳場 |
| 30 | | 20 | | | 岸 大将 | 京北76SC | 4:19.52 | 都ジュニア | 2006/09/18 |
| 高校2 | 東京辰巳 |
| 31 | | | | | 土屋 翔太 | 九段 | 4:19.74 | 平成18年度東京都高等学校春季水泳競技大会 | 2006/06/10 |
| 高校1 | 東京辰巳国際水泳場 |
| 32 | | | | | 渡辺 洋太 | 八王子東 | 4:20.65 | 平成18年度東京都高等学校春季水泳競技大会 | 2006/06/10 |
| 高校2 | 東京辰巳国際水泳場 |
| 33 | | | | | 天野 雄太 | 三井住友銀行 | 4:20.74 | 第57回日本実業団水泳競技大会 | 2006/08/05 |
| アクアリーナ豊橋 |
| 34 | | | 8 | | 大橋 雅史 | 府中二 | 4:21.44 | 平成18年度関東中学校体育大会 | 2006/08/11 |
| 中学2 | 東京辰巳国際水泳場 |
| 35 | | | | | 横山 宏紀 | 協栄SC町田 | 4:21.95 | 2006年度市外部夏季公認記録会 | 2006/07/02 |
| 高校1 | 中央大学室内プール |
| 36 | | | | | 斎木郁功馬 | 日体荏原 | 4:22.51 | 平成18年度東京都高等学校選手権水泳競技大会 | 2006/06/25 |
| 高校1 | 東京辰巳国際水泳場 |
| 37 | | | 9 | | 押川 謙 | 東村山五 | 4:22.71 | 平成18年度関東中学校体育大会 | 2006/08/11 |
| 中学3 | 東京辰巳国際水泳場 |
| 38 | | | | | 碓井 一樹 | 八王子 | 4:22.88 | 平成18年度東京都高等学校春季水泳競技大会 | 2006/06/10 |
| 高校3 | 東京辰巳国際水泳場 |
| 39 | | | 10 | | 露ア 真基 | 晴海 | 4:23.05 | 平成18年度関東中学校体育大会 | 2006/08/11 |
| 中学2 | 東京辰巳国際水泳場 |
| 40 | | | | | 森永 晃平 | 日大櫻丘 | 4:23.82 | 平成18年度東京都高等学校選手権水泳競技大会 | 2006/06/25 |
| 高校2 | 東京辰巳国際水泳場 |
| 41 | | | 11 | | 高橋 侑希 | 田柄 | 4:23.90 | 第58回東京都中学校選手権 | 2006/07/23 |
| 中学1 | 東京辰巳国際水泳場 |
| 42 | | | | | 金子 真也 | 江北 | 4:24.36 | 平成18年度東京都高等学校選手権水泳競技大会 | 2006/06/25 |
| 高校3 | 東京辰巳国際水泳場 |
| 43 | | | | | 大崎 雄悟 | 淑徳巣鴨 | 4:24.40 | 平成18年度東京都高等学校選手権水泳競技大会 | 2006/06/25 |
| 高校1 | 東京辰巳国際水泳場 |
| 44 | | | | | 林 剛大 | 日体荏原 | 4:24.71 | 平成18年度東京都高等学校選手権水泳競技大会 | 2006/06/25 |
| 高校1 | 東京辰巳国際水泳場 |
| 45 | | | 12 | | 前田 悠貴 | 小平六 | 4:25.13 | 第58回東京都中学校選手権 | 2006/07/23 |
| 中学3 | 東京辰巳国際水泳場 |
| 46 | | | | | 飯嶌 康一 | 多摩ISC | 4:25.27 | 2006年度市外部夏季公認記録会 | 2006/07/02 |
| 高校3 | 中央大学室内プール |
| 47 | | | 13 | | 黒田 雄太 | 駒込 | 4:25.45 | 平成18年度関東中学校体育大会 | 2006/08/10 |
| 中学3 | 東京辰巳国際水泳場 |
| 48 | | | | | 伴 宜久 | アクラブ調布 | 4:25.45 | 2006年度市外部夏季公認記録会 | 2006/07/02 |
| 高校3 | 中央大学室内プール |
| 49 | | | 14 | | 中山 大河 | 東京SC | 4:26.58 | 第38回東京スイミングセンタージュニア優秀選手招待 | 2006/11/23 |
| 中学2 | |
| 50 | | | | | 堀江 康太 | 日大豊山 | 4:27.70 | 平成18年度東京都高等学校春季水泳競技大会 | 2006/06/10 |
| 高校1 | 東京辰巳国際水泳場 |
| | | | 15 | | 鈴木総一郎 | 立教池袋 | 4:27.72 | 平成18年度関東中学校体育大会 | 2006/08/10 |
| 中学3 | 東京辰巳国際水泳場 |
| | | | 16 | | 野原 聡 | JSS八王子 | 4:28.01 | 2006年度市外部夏季公認記録会 | 2006/07/02 |
| 中学2 | 中央大学室内プール |
| | | | 17 | | 渡辺 周也 | 東京SC | 4:29.68 | 第38回東京スイミングセンタージュニア優秀選手招待 | 2006/11/23 |
| 中学2 | |
| | | | 18 | | 金丸 大将 | 調布 | 4:29.86 | 平成18年度関東中学校体育大会 | 2006/08/10 |
| 中学2 | 東京辰巳国際水泳場 |
| | | | 19 | | 水野 祐介 | 文京六 | 4:30.19 | 第54回東京都中学校学年別水泳競技大会 | 2006/09/09 |
| 中学3 | 東京辰巳国際水泳場 |
| | | | 20 | | 勅使川原翔太 | 向島 | 4:30.35 | 平成18年度関東中学校体育大会 | 2006/08/10 |
| 中学3 | 東京辰巳国際水泳場 |
| | | | | 1 | 益子 大地 | JSC瀬戸 | 4:49.13 | 第38回東京スイミングセンタージュニア優秀選手招待 | 2006/11/23 |
| 小学6 | |
| | | | | 2 | 近藤 祐輔 | 田柄SC | 4:52.01 | 第38回東京スイミングセンタージュニア優秀選手招待 | 2006/11/23 |
| 小学6 | |
| | | | | 3 | 和田 康永 | 東京SC | 4:52.36 | 第38回東京スイミングセンタージュニア優秀選手招待 | 2006/11/23 |
| 小学5 | |
| | | | | 4 | 山岸 航大 | 東京SC | 4:57.98 | 第38回東京スイミングセンタージュニア優秀選手招待 | 2006/11/23 |
| 小学5 | |
| | | | | 5 | 山本 貴庸 | OahuClub綾瀬 | 5:01.33 | 第38回東京スイミングセンタージュニア優秀選手招待 | 2006/11/23 |
| 小学5 | |